通常对于一个经费不是那么充足，
，，，即没什么经费的计算模拟课题组来说（我没说我组，，没说），，究竟整几台服务器是个大问题。
。。服务器的使用又经常会出现以组会为周期特征，，，，以审稿意见为诱发因子的使用高峰期，，，和相应的低峰期，
，难以互补。。。
。故而云超算平台就可以作为很好的润滑剂来使用。。。因此，，
，步入科研生活之初
，，
，，我就遍求天下超算
，，，终于发现了宝藏云——舜王生物云。
。

舜王生物云能够基本满足一切我等对超算的幻想，
，对于导师来说
，
，，最重要的肯定是便宜，，，，便宜
，
，，
，和便宜；对于学生来说
，，最重要的则是简单，，，
，简单，，，傻瓜式的简单。。。

前者我们可以在后续的计算中管窥一斑，
，，，后者，
，大家点开舜王生物云的主页注册一下
，，
，，登录控制台看一看就知道了。。。所有过程都是点一点、、、、拖一拖，
，无脑式完成。。。并且注册所赠送的算力金，，，
，真的够计算出不少东西的。
。。改变了我对超算存有过的偏见。。

在本文中
，，，，我来做一系列简单的声子谱和分析，，
，来为大家演示在宝藏云中一站式科研的全过程。。对于材料模拟来说，，确定它的动力学稳定性是非常关键的一点。
。。声子谱G点下的小小虚频，，，，也是无数人的噩梦
。。。但实际上即便是计算“出错”的声子谱，，也是包含很多信息的
，，，这一点我还尚在学习，，将一点心得与此计算过程一切记录下来。。

我们来计算三维体材料ZnO在常压下和19Gpa静水压下的声子谱
，
，，，每一个声子谱计算对他进行k点的测试，，
，最后我们将声子谱对不同原子进行投影，
，进一步分析他的晶格振动情况。。。

a) 建模
：正巧在进行试算的时候重装了系统，，一时半会没有MS用，，
，
，所以建模则在舜王生物云的windows工作站节点下运行。。
。。进行计算的是六角纤锌矿结构Zn0（P63mc）

相当的酷炫，，，也很流畅，，，对于我来说，，，，MS只用来建模，，，，所以装一个几个G的东西，，很划不来，，调用一个4核节点，，，一小时3毛2，，我一度想尝试安装一个自定义软件试试。
。
。。（譬如荒野大镖客）

a) 常压优化INCAR 与 晶格常数

晶格常数
：3.165（a、、、b），，，，5.106（c）

b) 190Gpa INCAR 与 晶格常数。。。。

晶格常数：3.165（a、、b），
，，5.106（c）

我专门上vasp论坛看过
，
，静水压的单位KB = 0.1Gpa。。。(见附件，，，
，可以找大鱼获取)

对两种晶格，，按网传的10埃米原理，，，，进行3-4-2的扩胞
，，共96个原子
。。。

对得到的超胞在1x1x1,2x2x2,3x3x3点网格下进行声子谱计算，，
，
，以查看其收敛情况。。声子谱输入文件如下：

在进行1x1x1（即单G点）计算时
，，我们可以采取单G点版本来计算
，，以缩短计算时间。。
。只要简单的把提交任务脚本中的vasp_std 修改为 vasp_gam。。。。(记得在计算更大k点的时候要调回来)，，，另外涂抹方案如-5
，，，是不支持低k点计算的
。。。

真正开展计算的时候，
，，这96原子的单点计算，
，我调用了一个64核的节点，，20分钟左右就算完了
，，全部的六个算完抛去失误算错的部分只在百元附近
。。。
。

a）在计算所得的声子谱目录下
，
，调用phonphy，，
，提取力常数

phonopy --fc vasprun.xml

b）再编写bond.conf文件，
，并键入命令，，，获得band.yaml文件

文件

ATOM_NAME =Zn O

DIM = 3 4 2

NPOINTS = 301

BAND = 0.000000 0.000000 0.000000  0.000000 0.000000 0.500000  0.333333 0.3333333  0.000000  0.000000 0.000000 0.000000

FORCE_CONSTANTS = READ

EIGENVECTORS = .TRUE.

BAND_POINTS = 301

命令如下：

phonopy --dim="3 4 2" -c POSCAR-unitcell -p band.conf

c）此时，，
，我们调用后处理神器vaspkit1.12，，，调用73-739,得到声子谱在各原子中的权重。
。

d）这时，，我们暂时先不管权重，，，，绘制普通的声子谱。。。。

可以看到三个k点所计算出的声子谱基本叠在一起，，不放大几乎不能分辨
，，，说明此时的收敛程度还是不错的
。。。在19Gpa压强下
，
，，，声子谱的样式并无太大变化，，，，而是整体“升高”了许多，，说明此时他还是稳定的，，，，某学报上刊登的文章计算出19Gpa下有围绕在g点附近的小虚频，，我认为可能是收敛问题，，，或者是泛函问题。。

这里的结果也说明，，
，，大多数情况下单G点的计算结果就能说明很多问题，，所以我经常先用单g点声子谱计算粗略的试探其稳定性。。。。

e）我们进一步绘制投影声子谱来分析不同原子的贡献，，我们用vaspkit提取出来的数据有

就是按POSCAR顺序排布的，
，，，Zn,Zn,O,O的投影情况。。每个文件前两列为声子谱图像，
，，后面为权重。。。。此时我们只要选取一个Zn和O原子的文件，，，即1，，3来画投影图即可。。可将数据导入origin利用其权重气泡图功能，，手搓半天绘制此图。。。

但是
，
，
，经常面对大量材料的我们
，，，手搓浪费生命，，现在向大家介绍我针对vaspkit后处理结果所写的外行看了嘬牙，，，
，新手看了叹气
，
，
，，老手看了脑淤血的后后处理python制图脚本（上述普通声子谱也是用这个脚本画的，，，
，只要去掉散点图部分，
，，重复两遍平平无奇部分）

此外
，，当我们面对虚频时，
，，，我们还可以利用jmol查看虚频振动模式
，，甚至去提取他的虚频振动本征矢，，
，
，来确定虚频产生的振动方向
，，，，做一个微小的位移来进行能量曲线拟合，，找到能量最小值的稳定结果，，，，称为“冻声子法”。。。。（脚本可以找“大鱼”获取）